第二季的故事紧接上一季。日本自卫队仍在努力与国门之外的国家达成和平协议，而姚哈·杜西仍在试图说服伊丹洋二保护她的族人免受火‌龙的侵袭。伊丹的部队并未就此摆脱灾难，很快又被卷入战火之中。在「銀座事件」活躍的主角伊丹耀司，在事件後晉升為二等陸尉，率領偵察隊深入「特區」，結識了三位美少女魔法使、精靈、亞神。垂涎「特區」利益的世界各國開始干涉自衛隊在「門」的另一邊的行動……而且對於姚的討伐炎龍委託，伊丹該怎麼辦呢？